En el marco de una severa crisis en el plano deportivo e institucional, Peñarol conmemoró su aniversario número cien el 28 de septiembre de 1991, pese a la controversia surgida un año atrás con la conformación de la «Comisión del Decanato» por parte del Club Nacional de Football, que rechazó abiertamente la celebración del centenario, camiseta de futbol iniciando la polémica en torno a la fecha de fundación de Peñarol y su vinculación con el CURCC. A partir del mismo año se utilizó, y por más tiempo, una camiseta que consistía en dos mitades verticales -negro a la derecha y a rayas anaranjadas y negras a la izquierda-, pantalón negro y medias de igual color. La camiseta actual de Peñarol -camiseta listada amarilla y negra- data de 1910 y desde entonces se ha utilizado casi ininterrumpidamente con muy pocas variaciones, entre las que se pueden contar el color de las medias -alternando entre amarillas y negras-, el color del pantalón -amarillo en 2001-, camiseta liverpool 2008 así como algunas variaciones en la dirección de las franjas en la camiseta.
En el equipo campeón destacaron las figuras de Fernando Morena y Rubén Paz, camisetas del liverpool este último goleador del torneo con 17 tantos. Comenzó con una victoria por 2-0 sobre Estonia el 4 de septiembre de 1994 y luego por este mismo resultado a Lituania un mes más tarde. Nike: Nike es una de las marcas líderes en la industria del deporte y cuenta con una amplia presencia en el fútbol. ↑ «Oficial: Javier Mascherano es el nuevo entrenador del Inter Miami de Lionel Messi». ↑ «Dejaron huella: los diez futbolistas más importantes en los 100 años de la FPF». Entre los futbolistas que pasaron por el club durante estos años, destacaron los nombres del ecuatoriano Alberto Spencer, goleador histórico de Peñarol por encuentros internacionales, Juan Joya Cordero, y Pedro Rocha. En los siguientes años, continuó acumulando logros a nivel nacional e internacional, destacándose la obtención de los campeonatos nacionales de 1967 y 1968, y de la Supercopa de Campeones Intercontinentales en 1969, certamen que agrupó a los clubes sudamericanos que hasta ese momento habían ganado la Copa Intercontinental. En las temporadas 2017 y 2018 Peñarol se proclamaría bicampeón uruguayo tras ganar ambos campeonatos consecutivos, se distarían jugadores como Cristian Rodríguez en su retorno al club, Walter Gargano y la llegada del argentino Maximiliano Rodríguez.
La temporada de 2015-16 sería una temporada importante para el club, en 2015 se daría la llegada de Diego Forlán, ese mismo año el club obtendría el Torneo Apertura. Peñarol volvería a consagrarse campeón en la temporada 2012-13, tras ganar el Torneo Apertura de 2012, destacándose jugadores como Marcelo Zalayeta y Juan Manuel Olivera.Peñarol quedaría a un punto de punto en el Clausura de Defensor Sporting, disputaría una final por el Campeonato Uruguayo, teniendo ventaja tras ganar la tabla anual, lo que le permitiría la consagración venciendo en un único partido al conjunto violeta 3-1, las 3 anotaciones del conjunto carbonero serían convertidos por Antonio Pacheco. El primer título que ganó fue la Copa de la Liga de Corea de 2006, con una actuación destacada del internacional Park Chu-young y el defensor Ki Sung-yeung. El Estadio El Teniente, antes llamado Estadio Braden Copper Co., es un estadio chileno ubicado en la ciudad de Rancagua, y fue inaugurado en el año 1945. El estadio El Teniente es uno de los principales recintos deportivos de la Región de O’Higgins, y se destaca por haber sido una de las cuatro sedes del Copa Mundial de Fútbol de 1962. En él se disputan los partidos en que el Club Deportivo O’Higgins juega como local, además de diversas actividades culturales.
Por otra parte, a nivel internacional el club alcanzó la final de la Copa Conmebol en 1993 y 1994. En el año 1999 volvió a coronarse campeón uruguayo esta vez con Julio Ribas en el banquillo luego de superar a Nacional por 2-1 el 13 de noviembre, en lo que se conoció como la 4×4 debido a que el equipo anotó en la segunda mitad de la temporada un total de 47 goles en 14 encuentros. Juan Hohberg, Juan Romay y Julio César Abbadie. Consultado el 12 de julio de 2010. (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última). Tras realizar por primera vez una gira por Europa en 1927, Peñarol volvió a alzarse con el Campeonato Uruguayo en 1928 y 1929. En este último año se declaró a Julio María Sosa como primer presidente honorario del club. Copa José Serrato 1928 ? Luego de mantenerse durante tres años el Cisma y tras haber fracasado varios intentos de reunificación, una representación de la prensa de Montevideo solicitó la intervención mediadora del presidente de la república, José Serrato. Lograría ganar la tabla anual pero no el clausura, porque disputaría una final única, donde vencería 3-1 en el tiempo extra a Plaza Colonia, proclamándose Campeón del Uruguayo de esa temporada.